Конвертирование всех аудио-файлов в директории, например, из ogg в формат aac:
find <директория> -type f -name "*.ogg" -exec ffmpeg -i {} -c:a aac -strict experimental -b:a 256k {}.aac \;
где -b:a 256k — значение битрейта
А если нужно в mp3 с максимальным качеством, то:
find <директория> -type f -name "*.aac" -exec ffmpeg -i {} -c:a libmp3lame -q:a 0 {}.mp3 \;
где -q:a 0 — значение качества от 0 до 9 (0 — самое высокое)