Удаление установленных дополнений в Eclipse: вкладка «Help» -> «About Eclipse SDK» -> «Installation Details» -> вкладка «Installed Software».
Тоже самое окно можно вызвать через ссылку «What is already installed?» на странице «Install New Software».
А вот с ручным удалением плагинов в папке Eclipse\plugins нужно быть крайне осторожно, потому что возможен случай, когда удалив «что-то ненужное», IDE начинает сыпаться ошибками.
Плагины рекомендуется не удалять, а по возможности выключать. Если вы все же решитесь удалять плагины вручную, то не забывайте и про папку Eclipse\features, в которой находится информация об установленных плагинах.