Бывает так, что какие-то программы добавляют свои ярлыки в Launchpad, но непосредственно в директории /Applications их нет. А где тогда? Скорее всего, в пользовательской директории /Users/<user_name>/Applications. Системные приложения, к слову, находятся в /System/Applications/.
С такой ситуацией столкнулся, когда в приложении Steam установил игру, а потом, после ее удаления, заметил, что в Launchpad ярлык игры продолжал быть. В данном случае ярлык располагался как раз в /Users/<user_name>/Applications.
Универсальный вариант – чтобы точно установить путь, где расположен ярлык из Launchpad, нужно перетащить его в Dock, затем через контекстное меню выбрать «Options» -> «Show in Finder».