Когда мы устанавливаем какие-нибудь программы (пакеты), то часто требуется установить и зависимые пакеты, без которых программа просто не установится. С установкой все предельно понятно, для этого достаточно выполнить команду:
apt-get install имя_пакета
Когда программа нам больше не нужна, целесообразно ее удалить, для этого можно сделать так:
apt-get remove имя_пакета
Опция remove удаляет файлы пакета, но оставляет файлы конфигурации (настроек). Плюс в таком удалении очевиден: возможно, через какое-то время вы захотите снова установить данную программу, и вам уже не придется поновой производить ее настройки, т.к. все файлы с настройками у вас уже имеются. Если же вы точно знаете, что не будете повторно устанавливать программу, то в системе остается мусор, который никому не нужен. В связи с чем, в такой ситуации рекомендуется удалять программы следующим образом:
apt-get purge имя_пакета
Тогда удалится сам пакет и его настройки.
А теперь вернемся к зависимым пакетам. Они все равно останутся, если даже вы удалите программу. Поэтому, чтобы удалить зависимые пакеты, которые уже системе не нужны, следует ввести следующую команду:
apt-get autoremove
Если при установке/удалении возникли фатальные ошибки, то можно ввести команду apt-get check, которая обновит кэш и проверит целостность зависимостей пакетов.
Более подробно о командах управления пакетами можно прочитать здесь.