Допустим, в какой-то коллекции есть документы, содержащие поле, которое стало уже не нужным, и вы хотите удалить это поле из всех документов данной коллекции.
Для этого достаточно выполнить следующий запрос:
db.<collection>.update({}, {$unset: {<field_name>:1}} , {multi: true});