Для контроля над размером лог-файлов сервера, а также их количеством, обычно используется т.н. процесс ротации (включает в себя архивирование, удаление старых и т.п.).
Если же по какой-то причине к лог-файлу не применяется ротация, и он стал занимать много дискового пространства, то лучше всего не удалять этот файл, а просто обнулить следующим образом:
echo ""> /home/httpd-logs/access.log
Удаление же лог-файла вручную может привести к ряду проблем.