Чтобы восстановит загрузчик Windows, достаточно загрузить систему с установочного win-диска, на этапах установки выбрать «Восстановление системы» -> «Параметры восстановления системы» -> «Командная строка» и затем ввести следующие команды:
bootrec /fixmbr
bootrec /fixboot