Начиная с версии 11.10 в Ubuntu в списке автоматически запускаемых приложений показываются только те, которые были установлены или добавлены в автозапуск самостоятельно пользователем. Чтобы заставить вновь отображаться все помещенные в автозапуск приложения, необходимо выполнить:
sudo -i
cd /etc/xdg/autostart/
sudo sed --in-place 's/NoDisplay=true/NoDisplay=false/g' *.desktop