Чтобы выводить исполнение PHP скриптов в IDE не в браузер, а на консоль, нужно использовать CLI (PHP Command Line Interface).
В IDE NetBeans это решается очень просто: «Сервис» -> «Параметры», на вкладке «Общие» отметить чек-бокс «Окно вывода» для пункта «Открыть результаты в».
В IDE Eclipce чуть послажнее: выделяем проект, вызываем контекстное меню, в нем «Run As» -> «Run confirugations…». В списке слева находим пункт «PHP CLI Application», а в нем название вашего скрипта. Выделяем ваш скрипт, в правой области переходим на вкладку «Common», на которой отмечаем чек-бокс «Allocate console (necessary for input)». Все!
