Чтобы не отслеживать файлы в конкретном Git-репозитории, нужно в проекте создавать файл .gitignore, прописав туда нужные исключения.
Если же хочется исключить файлы из всех репозиториев, то есть смысл воспользоваться глобальным исключением: создайте файл, скажем, .gitignore_global, поместите туда нужные правила исключений, а потом выполните команду:
git config --global core.excludesfile ~/.gitignore_global