Windows (а если быть точнее, файловая система NTFS) умеет работать с символическими ссылками, которые могут указывать как на директорию, так и на файл.
Для создания символической ссылке можно воспользоваться командой mklink, либо воспользоваться сторонними утилитами. В данный момент я использую Link Shell Extension, который встраивает в контекстное меню соответствующие пункты для создания символических ссылок.
