Чтобы обновить пакеты, необходимо скачала выяснить, какие из установленных пакетов нуждаются в этом:
pear list-upgrades
Если обновления имеются, то будет выведен соответствующий список. Затем же можно выполнить и само обновление, указав желаемый пакет для обновления:
pear upgrade Package_Name